在推動都市再開發的「密阿雷市」展開的全新故事。
♦冒險的舞台「密阿雷市」
冒險的舞台是在《寶可夢 X》及《寶可夢 Y》中也曾經登場的卡洛斯地區的大城市「密阿雷市」。為了邁向人與寶可夢共存的目標，這座城市正推動著都市再開發的計畫，在運用最新技術整備而成的區域「野生特區」裡棲息著許多野生的寶可夢。
來到密阿雷市觀光的主角，會從「菊草葉」、「暖暖豬」和「小鋸鱷」這3隻寶可夢中選出其中之一作為搭檔，並與夥伴們一起挑戰城市裡發生的各種大小事與事件。
♦入夜後挑戰「ZA登峰戰」
一到夜晚，城市裡就會出現以最新技術紅色全像投影所環繞的「對戰特區」。特區內每天都會舉辦「ZA登峰戰」，從日落到黎明都有訓練家們在這裡以寶可夢對戰一較高下。參賽者會被賦予從Z到A的各個「級別」，所有的參賽者皆從Z級開始。到達A級後，將被賦予最強的稱號和名譽，並且能夠實現一個願望。
♦系列首創寶可夢與訓練家即時行動的戰鬥
在戰鬥中，寶可夢會和訓練家一起移動，並同時根據訓練家的指示使出招式。除了屬性相剋之外，增添了替換寶可夢和選擇招式的時機、招式的可達範圍以及出招速度等新的遊戲要素，可享受到前所未有的寶可夢對戰樂趣。
♦掌握本作關鍵的「超級進化」
在密阿雷市，不時能見到超越進化的進化「超級進化」。有一部分的寶可夢能夠「超級進化」，透過暫時釋放寶可夢潛藏的力量，達到比一般進化更上一層的力量提升。如何純熟運用「超級進化」，亦是勝負的關鍵所在。
